Këshilli i Ministrave ka formuluar projektvendimin për mbylljen e Akademisë së Studimeve Albanologjike duke i kaluar asetet e këtij institucioni nën Akademinë e Shkencave që drejtohet nga Skënder Gjinushi.
Sipas projektvendimit, që pritet të firmoset nga kryeministri Edi Rama, të gjithë institutet në varësi të Akademisë së Studimeve Albanologjike do të shkrihen dhe do t’i bashkangjiten Akademisë së Shkencave e cila merr po ashtu të gjitha pasuritë e luajtshme dhe të paluajtshme.
Anëtarët e senatit të institucionit kanë kundërshtuar projektvendimin dhe kanë deklaruar se do të ndërmarrin të gjithë hapat ligjorë për mos ta lejuar diçka të tillë. Rektori i akademisë tha se nëse një vendim i tillë miratohet, atëherë nuk do të ketë më Studime Albanalogjike pavarësisht se institutet e akademisë do të kalojnë në varësi të Akademisë së Shkencave. Ai tha se projektvendimi është në shkelje të hapur të arsimit të lartë dhe të disa marrëveshjeve ndërkombëtare të vendit.
Akademia e Studimeve Albanologjike u krijua në mars të vitit 2008 në kuadër të ristrukturimit e të modernizimit të sistemit universitar dhe akademik shqiptar, me vendim të Këshillit të Ministrave, nga bashkimi i katër Instituteve (Arkeologji, Gjuhësi dhe Letërsi, Histori, Kulturë Popullore) dhe i dy njësive kërkimore (Studimi i Artit, Enciklopedia Shqiptare) të ish-Akademisë së Shkencave të Republikës së Shqipërisë.